El 14 de agosto de 1775, por decreto de la emperatriz rusa Catalina II, el Zaporozhye Sich fue finalmente abolido. Después de la reunificación de una parte significativa de la Pequeña Rusia con el estado ruso en 1654, los privilegios se extendieron al ejército de Zaporozhye, que fueron disfrutados por otras tropas cosacas rusas. Los cosacos de Zaporozhye jugaron un papel importante. Los cosacos defendieron las fronteras del sur de Rusia, jugaron un papel destacado en las guerras con el kanato de Crimea y el Imperio Otomano. Por lo tanto, los cosacos conservaron cierta autonomía del gobierno central. Sin embargo, los cosacos protegieron a los fugitivos que se escondían en Zaporozhye Sich de la persecución de las autoridades zaristas. Además, existía el peligro de una revuelta contra el centro, una alianza con los enemigos externos de Rusia.
Entonces, en 1709, el koshevoy ataman Kost Gordienko y hetman Mazepa firmaron un acuerdo de alianza con el rey sueco Carlos XII. El Zaporizhzhya Sich se unió a la alianza de Mazepa y Karl contra Rusia. Hubo varios enfrentamientos entre los cosacos y las tropas rusas. Peter da la orden al príncipe Menshikov de trasladar tres regimientos de Kiev al Sich bajo el mando del coronel Yakovlev para "destruir todo el nido de alborotadores". El Sich fue destruido y luego Pedro no permitió que se reconstruyera. Los cosacos fundaron en las tierras controladas por los turcos y los tártaros de Crimea, Kamenskaya (1709-1711) y Aleshkovskaya Sich (1711-1734). Sin embargo, no duraron mucho.
En 1733, cuando, tras el estallido de la guerra entre el Imperio ruso y Turquía, el Khan de Crimea ordenó a los cosacos del Alyoshkovskaya Sich que fueran a la frontera rusa, el general Veisbakh (en ese momento estaba comprometido en la construcción del Ucraniano línea de fortalezas) entregó a los cosacos un certificado en el tracto Krasny Kut, 4 verstas del antiguo Chertomlytskaya Sich. Los cosacos recibieron una carta de la emperatriz Anna Ioannovna de perdón y aceptación a la ciudadanía rusa. Como resultado, se creó el Nuevo (Podpolnenskaya o Pidpilnyanskaya) Sich, que existió hasta la destrucción final del Zaporozhye Sich en 1775.
El nuevo Sich era muy diferente al anterior. Se convirtió no solo en un organismo militar, sino también económico y político. Los cosacos recibieron pleno autogobierno y tierras para asentarse. Aparecieron nuevas estructuras - "palanques". Estas eran una especie de "provincias" de los Sich en Samara, Mius, Bug, Ingulets, etc. Cada palanka estaba gobernada por un coronel, esaul y un secretario, que estaban subordinados a Kosh. Fue la tierra la que se convirtió en la principal fuente de ingresos de los cosacos, no el salario. En las proximidades de los asentados "winterchaks" de Sich: cosacos casados, no tenían derecho a votar en el parlamento ni a ser elegidos para un cargo y estaban obligados a pagar "humo" a la tesorería de Sich, es decir, un tipo de impuesto familiar. Además de los cosacos casados, los extranjeros (principalmente campesinos, gente pobre que buscaba una vida mejor), que venían de las provincias de la Gran Rusia, la Ucrania de la Ribera Derecha y las posesiones turcas, comenzaron a llamarse así. No se les consideraba cosacos, pero eran súbditos del Sich, suministraban alimentos y pagaban 1 rublo al año. Los habitantes de Sich vivían de la pesca, la caza, la cría de ganado, la agricultura y el comercio. El capataz recibía ingresos de los aranceles sobre la importación de bienes, la propiedad de la tierra, los pastos, la pesca.
Los cosacos obedecieron solo sus propias leyes, para asuntos menores fueron juzgados en palanquets, para asuntos importantes, en el koshevoy. El delincuente podía ser entregado a las autoridades imperiales, pero la mayoría de las veces ellos mismos eran castigados hasta la pena de muerte. El Sich se convirtió rápidamente en una de las regiones florecientes de Rusia. Los palanquets estaban cubiertos de aldeas y granjas.
Sin embargo, en el Sich también existían serias contradicciones entre el capataz y el golot. Entonces, el gobierno zarista violó casi de inmediato la obligación de entregar anualmente a Sich 20 mil rublos de salario. Ya en 1738, empezaron a dar sólo entre 4 000 y 7 000. Se ordenó que el resto del dinero se pagara con fondos del ejército, pero estaban vacíos. Como resultado, las autoridades comenzaron a hacer trampa: entregaron "públicamente" 4 mil rublos, el resto del dinero se transfirió en secreto a los capataces, los jefes de los kurens. Sin embargo, los cosacos se enteraron rápidamente de esto: en 1739, el koshevoy Tukal y los ancianos derrocaron, golpearon y saquearon sus propiedades (el koshevoy fue tan golpeado que pronto murió). En el futuro, los capataces continuaron enriqueciéndose. En particular, koshevoy Kalnyshevsky una vez vendió 14 mil caballos de sus rebaños. Los cosacos ordinarios estaban en la pobreza, todos los beneficios iban a favor del capataz.
Los cosacos ordinarios trabajaban para el capataz, pescaban y "gaidamastvo", es decir, el robo, también se desarrollaba. En los tramos más bajos del Bug, convergieron las fronteras rusa, turca y polaca, lo que ayudó a esconderse después del saqueo. En las décadas de 1750 y 1760, Gaidamache se convirtió en un verdadero desastre en esta área. La gente simplemente tenía miedo de viajar a través de la región de Bug. Las quejas sobre los cosacos estaban llegando desde Turquía y Polonia. Las instrucciones de las autoridades imperiales eran simplemente "frenar". El oficio era muy rentable, y muchos de los capataces y la administración de las palanques participaban. Cuando en 1760, bajo la presión de las autoridades rusas, Koshevoy Beletsky organizó una redada para capturar a los ladrones, solo 40 personas pudieron arrestar. E incluso entonces los kuren atamans prohibieron que se distribuyeran, los desmantelaron en kurens y, después del arrepentimiento, los liberaron. Cuando el mando militar ruso estableció el patrullaje de la frontera con caballería regular y cosacos suburbanos, comenzaron las escaramuzas armadas.
Surgió otra razón para el conflicto entre el Sich y el gobierno central. Durante este período, hubo un desarrollo activo de las áreas previamente vacías del Campo Salvaje y los cosacos comenzaron a defender sus tierras "legítimas". Basaron sus afirmaciones en una falsificación: "una copia de la carta de Stefan Batory", quien supuestamente les dio tierras cerca de la ciudad de Chigirin, a lo largo de Samara y Southern Bug, la orilla izquierda del Dnieper hasta Seversky Donets. Y dado que los soberanos rusos, comenzando con Alexei Mikhailovich, confirmaron las "libertades anteriores de Zaporozhye", la misma palabra "libertades" comenzó a interpretarse en un sentido territorial. Los cosacos de Zaporozhian, defendiendo sus tierras "legítimas", no se detuvieron en el uso de la fuerza. Quemaron varios asentamientos nuevos, dispersaron a los aldeanos. Como resultado, los cosacos simplemente se volvieron insolentes, desafiando al gobierno central. Sin embargo, con Elizabeth y Hetman Razumovsky, se salieron con la suya.
Con Catalina II, la situación cambió. Ella tomó en serio los asuntos de la Ucrania suelta. En 1763, Hetman Razumovsky, quien insinuó el estatus hereditario de su cargo, renunció "por su propia voluntad". Se restauró el Little Russian Collegium. El general P. A. Rumyantsev fue nombrado presidente. Encontró una imagen del colapso total en Ucrania. La élite militar, que gobernaba en nombre de Razumovsky, se salió completamente de control. Los capataces se convirtieron en nobles todopoderosos, verdaderos "principes" locales. Llegaron al punto en que se pelearon entre sí, desafiando la tierra, armando a los cosacos y campesinos. La población fue sometida a una explotación despiadada. Los cosacos ordinarios se arruinaron y se convirtieron en trabajadores agrícolas o se dedicaron a la agricultura personal. El decreto de 1721 sobre el fomento de la destilación cosaca tuvo un efecto negativo en las tropas. Mucha gente bebió hasta morir, otros bebieron sus parcelas con bebida. Como resultado, el pequeño ejército ruso se descompuso. Rumyantsev ni siquiera pudo organizar la oficina de correos: los ricos no querían servir, los pobres no tenían la oportunidad.
Fue necesario tomar medidas para restaurar la capacidad de combate de las tropas locales. En 1764, comenzaron a transformar las unidades cosacas en regulares. De los regimientos ucranianos se crearon 5 húsares: negro, amarillo, azul, serbio y ugorsky. Además, se crearon cuatro regimientos de pikinersky (Elisavetgradsky, Dneprovsky, Donetsk y Lugansky). Más tarde, se crearon varios regimientos de húsares más y la Landmilitia se reorganizó en unidades de infantería. En general, Ucrania tuvo que perder su estatus especial y ser igualada con otras provincias rusas. Sentarse en estos planes fue un serio obstáculo.
También se llamó la atención sobre el "estado dentro del estado", el Zaporozhye Sich. En 1764, Kosh estaba subordinado al Little Russian Collegium. A la administración de Zaporozhye se le atribuyó el mérito de no celebrar más elecciones. Los cosacos estaban indignados y, contrariamente a las instrucciones, celebraron nuevas elecciones, eligiendo a Kalnyshevsky como koshevsky. El nuevo koshevoy fue a San Petersburgo sin permiso para exigir la subordinación directa del Colegio Extranjero y plantear la cuestión de las tierras "legales" de Zaporozhye. Rumyantsev sugirió que la emperatriz arrestara a los delegados. Se redactó un proyecto de reforma del Sich. Sin embargo, Catalina no tomó medidas duras, se acercaba una nueva guerra con Turquía, no querían complicar la situación en el sur. La Emperatriz recibió amablemente a la delegación. Esto inspiró a los cosacos, al regresar al Sich comenzaron a jactarse de haber "asustado" al gobierno.
En 1767, se recibió una denuncia de que Koshevoy Kalnyshevsky y el secretario Ivan Globa estaban accediendo a entablar negociaciones con el sultán turco si el gobierno no cumplía con sus demandas. Catalina dejó la denuncia sin consecuencias, pero el destino de los Sich ya era una conclusión inevitable. La solución al problema solo se pospuso hasta el final de la guerra con el Imperio Otomano.
La propia dirección de Sich agravó su precaria posición. No solo desafió a las autoridades rusas, sino que también entró en contacto con Crimea y Turquía. En vísperas de la guerra, los cosacos recibieron cartas de Bakhchisarai y Estambul, en las que se vieron tentados con la posibilidad de trasladarse al servicio de Turquía, prometiendo un triple salario. El emisario francés Totleben visitó el Sich en nombre del sultán. Kalnyshevsky se negó a los turcos, pero no interrumpió la correspondencia. Además, permitió que Totleben hablara con los cosacos y no lo traicionó con Rumyantsev. La confusión comenzó entre la masa cosaca. Cuando, en diciembre de 1768, se ordenó a los cosacos que comenzaran una guerra con Turquía, se rebelaron. Kalnyshevsky no solo tuvo que reprimir la rebelión, sino también pedir ayuda a la guarnición rusa de la reducción de Novosechensky. Los disturbios continuaron durante varios meses, los cosacos abandonaron las fronteras y los tártaros irrumpieron en Ucrania en enero de 1769.
En la guerra ruso-turca de 1768-1774. Participaron 10 mil cosacos (alrededor de 4 mil más permanecieron en el territorio de Sich). En la guerra, mostraron altas cualidades de lucha, se distinguieron en reconocimiento y redadas, y jugaron un papel importante en las batallas de Larga y Cahul. La victoria en esta guerra fue otra razón para la eliminación del ejército de Zaporozhye. Con la conclusión del acuerdo Kuchuk-Kainardzhiyskiy, el Imperio Ruso obtuvo acceso al Mar Negro, se creó la línea defensiva Dnieper, el Kanato de Crimea estaba al borde de la destrucción. El segundo enemigo histórico de Rusia, la Polonia católica, perdió su poder y en 1772 tuvo lugar su primera partición. Los cosacos de Zaporozhye perdieron su papel de defensores de las fronteras del sur.
En mayo de 1775, el cuerpo del general Peter Tekeli se trasladó al Sich. La operación fue incruenta. Los ancianos, al darse cuenta de que la resistencia era inútil, junto con los sacerdotes, calmaron a los cosacos de base. Por el decreto de Catalina se abolió el Zaporizhzhya Sich. Los cosacos ordinarios no fueron perseguidos. Algunos permanecieron en Ucrania y se establecieron en pueblos y ciudades. Algunos de los comandantes recibieron rangos de oficiales, los capataces se convirtieron en nobles. Solo tres cosacos: Kalnyshevsky, el juez militar Pavel Golovaty y el secretario Globa fueron condenados por traición y exiliados a monasterios. Kalnyshevsky vivió en el Monasterio Solovetsky hasta la edad de 112 años y murió en 1803, tomando la dignidad monástica.
Parte de los cosacos fue al Danubio bajo el gobierno del sultán turco y se creó el Sich transdanubiano. En 1828, los cosacos del Trans-Danubio se pasaron al lado del ejército ruso y fueron indultados personalmente por el zar Nicolás I. A partir de ellos, se creó el ejército cosaco de Azov. En Rusia, durante la guerra con Turquía, Alexander Suvorov en 1787-1788. de los cosacos de los antiguos Sich y sus descendientes, organizó el "Ejército de los Zaporozhianos Leales". En 1790 se transformó en el ejército cosaco del Mar Negro y luego recibió el territorio de la orilla izquierda de Kuban. Los cosacos participaron activamente en la Guerra del Cáucaso y otras guerras del Imperio Ruso.